Согласно приказу руководителя Федерального медико-биологического агентства В.И. Скворцовой от 30 июля 2020 года ФСНКЦ ФМБА России вошел в состав сети окружных медицинских центров.
Цель нововведений — обеспечение преемственности, доступности качественной медицинской помощи, повышение эффективной деятельности медицинских организаций посредством формирования трехуровневой системы учреждений ФМБА России в федеральных округах.
ФСНКЦ ФМБА России обеспечивает координацию деятельности медицинских организаций и проводит анализ эффективности медицинской деятельности в Сибирском федеральном округе.